Сын Николая Платоновича и Феоны Ивановны Орнатских Философ родился 21 мая 1860 г. на погосте Новая Ёрга Череповецкого уезда Новгородской губернии.

Философ начинал учебу в Белозерском духовном училище (ближайшем к месту ссылки отца), поступив на его «низшее отделение» в 1869 году, а в Кирилловское переведен в августе 1872 года в третий класс 11-м по успехам. По окончании его в 1874 году он поехал поступать в Петербургскую духовную семинарию, но вступительных экзаменов не сдал. Ему пришлось бы вернуться домой, но помог родной дядя священник Алексий Иванович Белоликов. Рано овдовевший, он служил в Александро-Невской лавре в Митрополичьей церкви и одновременно проходил курс духовной академии. По его письменному прошению Философа зачислили на повторное прохождение последнего класса в столичное Александро-Невское духовное училище. В следующем году Философ окончил его 5-м в списке первого разряда и успешно поступил в Петербургскую духовную семинарию, которую окончил в 1881 году по первому разряду под № 2 и поступил в Санкт - Петербургскую Духовную Академию, которую окончил в 1885 году под № 10 из 102-х, «со степенью кандидата, с правом получения степени магистра без нового устного испытания».

16 июля 1885 года Философ рукоположен во диакона, а 28 июля того же года – во священника и пресвитера митрополитом Петербургским Исидором ко храму в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали» при детском приюте принца Петра Георгиевича Ольденбургского в Санкт-Петербурге

В том же 1885 году он вступает в Общество распространения религиозно-нравственного просвещения в духе Православной Церкви, в 1890 становится членом совета, а 4 мая 1892 года избран Председателем Общества, вплоть до своей кончины.

В июле 1891 года приглашен для работы в комиссию по строительству церкви во имя преподобномученика Андрея Критского при Экспедиции заготовления Государственных бумаг, а 26 августа 1892 года назначен настоятелем этого храма, в котором служил до октября 1913 года, когда он стал настоятелем Казанского Кафедрального Собора в Санкт-Петербурге.

Кроме того отец Философ вел огромную общественно-просветительскую и благотворительную деятельность. Так в 1888 году отец Философ назначен членом Комитета Православного Миссионерского общества, с 1892 года состоит Председателем церковного попечительства при храме святой мученицы царицы Александры, 22 апреля 1893 года избирается гласным от духовного ведомства в Санкт-Петербургскую Городскую Думу, в январе 1894 года избирается членом городской Комиссии по народному образованию и председателем аналогичной комиссии по Нарвской части Санкт-Петербурга, с мая 1895 года состоит членом городского Училищного Совета, а в 1899, 1901, 1902 годах состоит членом "С.Петербургского Общества вспомоществования нуждающимся питомцам Новгородской духовной семинарии".

Усилиями о. Философа строились храмы, создавались ночлежные дома, бесплатные столовые, школы, приюты для детей-сирот, больницы для неимущих и богадельни для престарелых.

14 ноября 1898 года отец Философ возведен в сан протоиерея.

В октябре 1913 года отец Философ назначен на должность настоятеля Казанского Кафедрального Собора в Санкт-Петербурге.

17 июля 1885 года Философ Николаевич обвенчался с Еленой Николаевной Заозерской 21 мая 1865 года рождения. В семье было одиннадцать детей.

Семьи братьев Философа и Иоанна, который был женат на племяннице о. Иоанна Кронштадтского Анне Семеновне Малкиной, всегда тесно общались. Брат Иоанн служил настоятелем в храме С.Петербургского подворья Леушинского монастыря на Бассейной улице, а потом в храме Иоанновского монастыря на Карповке. В его семье родилось 17 (выросли 14) детей и о. Философ крестил или был восприемником почти всех их. В летнее время семьи жили в своих дачных домах на ст. Графская по Финляндской железной дороге, которые располагались рядом, на Левашовской улице. 28 апреля 1904 года о. Философ получил письменное разрешение Губернского правления на «возведение в дачной местности Графская храма св. Серафима Саровского на участке земли, подаренном графиней Ольгой Викторовной Левашовой в 1903 году, на деньги, собранные жителями Графской.» К тому времени уже все было готово для завершения строительства и 19 июля 1904 г. храм был освящен владыкой Сергием (Страгородским) епископом Ямбургским. В 1924 году настоятелем ее стал брат – о. Иоанн Орнатский.

Дачный дом о. Философа располагался позади нынешнего дома №9 по Ленинградской улице и был разрушен в 1930-е годы, а дом о. Иоанна сохранился до сих пор. (2022 г.)

Когда наступил кровавый 1917 год отец Философ явился бесстрашным и последовательным обличителем антицерковной политики большевиков: убийства 31 окт. (13 нояб) 1917г. в Царском Селе прот. Иоанна Кочурова; 20 янв. 1918г. в Александро-Невской лавре прот. Петра Скипетрова; 25 янв. 1918г. в Киеве митр. Владимира (Богоявленского); роспуск Учредительного собрания 6(19) янв. 1918г., отменяющий предложенную Собором модель отношений Церкви и государства; появление 20 янв. (2 февр) 1918г. декрета об отделении Церкви от государства и щколы от Церкви; лишение 10 июля 1918г. духовенства и монашествующих избирательных прав, объявление их нетрудящимися элементами, лищение их детей многих прав, в т.ч. получения высшего образования; появление инструкции к декрету от 24 августа 1918г., в которой предписывается передача власти на приходе от настоятеля к группе мирян (двадцатке), – эти и многие другие антицерковные действия правительства Советской России громко обличались в его проповедях и выступлениях.

В условиях всё усиливающегося красного террора, как истинный пастырь Церкви Христовой, он не отступил от своих убеждений и веры во Христа.

Вечером 19 июля 1918 года у себя в квартире отец Философ был арестован без всяких объяснений. Также были арестованы и два его старших сына – Николай и Борис, вызвавшиеся сопровождать отца. Ответом на неоднократные обращения к властям было упорное молчание. Наконец родные батюшки письменно обратились к Урицкому. В ответ председатель петроградской ЧК сообщил, что гражданин Орнатский расстрелян, как "ярый контрреволюционер"... Как стало известно из рассказа водителя грузовика, на котором он возил людей на расстрелы, о Иоанна Орнатского вместе с 30-ю офицерами он вывез на берег Финского залива за Лигово, где они были расстреляны. Тела сброшены в воду.

На Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной церкви по канонизации Святых, прошедшем в Москве 13-16 августа 2000 года, отец Философ и его сыновья Николай и Борис причислены к лику общецерковных святых.

В ряду множества наград отца Философа Орнатского были: наперсный крест от Св.Синода (1895), золотой наперсный крест от Кабинета Его Императорского Величества (1903), митра, орден Св.Владимира 4-й степени.